階段三：完成自主學習計畫（學習目標、預期成果及時程規劃）的訂定與審查
所謂的「完成自主學習計畫」，除了要確認第一階段同學填寫的自主學習主題和內容明確可行，還要進一步讓同學寫出更明確的：學習目標、預期學習成果、以及自主學習時程規劃。這部分的指導工作因為牽涉到不同專業領域的內容，所以建議是由專業領域的指導老師接手指導。
這一個階段的自主學習計畫撰寫，難度比第一階段高很多。即使是專業領域的指導老師，雖然熟悉專業領域的主題與內容，但對於如何指導同學寫出完整的計畫卻不見得熟悉。所以在對同學進行指導之前，指導老師彼此之間需要先建立指導方向的共識，同時也需要對下一個階段的審查方式進行討論，才能讓所有指導老師以相近的標準來要求同學。
這個階段的指導建議是安排二次自主學習時間來進行，第一次由各專業領域指導老師提出自主學習計畫的撰寫及修改建議，讓同學回家之後可以進行修改，並讓導師在第二次自主學習時間督促同學完成繳交，並對於無法完成的同學提供指導與建議。
因為導師也需要協助第二階段自主學習計畫撰寫的指導，所以在事前舉辦的指導老師共識會議建議要一併邀請導師參加。
（關於詳細的指導建議與實例，請參閱「自主學習計畫撰寫指導建議」一文的說明。）
自主學習計畫審查
主要的審查目的並不是要淘汰計畫寫不好的同學，而是希望同學可以寫出好的計畫。
根據過去幾年推動自主學習的經驗發現，即使同學沒有完整寫出自主學習計畫，並不影響同學的自主學習及最後成果的產出。所以撰寫自主學習計畫只是自主學習想要達成的目標之一，並不是一定必要的條件。換句話說，我們盡力指導同學完成一份可行的自主學習計畫，並鼓勵他們照計畫進行，然後可以在計畫結束時，檢核計畫執行的過程和達成狀況，這樣將有助於我們未來可以訂定出更好的計畫。
所以我們希望和指導老師達成的共識是，只要同學的計畫看起來大致可行，即使預定的目標明顯無法達成，也請指導老師盡量陪伴他們走過這一回。讓他們透過親身體驗來學習如何調整自己的計畫，或許比我們事先幫他們避掉各種難關還更有意義。
至於那些因為安全性、器材、場地、或指導老師無法配合的主題，除了建議同學調整方向之外，「改題目」可能也是不得不提供給同學的建議。
對於沒有繳交自主學習計畫的同學，或是因為指導老師有名額限制而未被錄取的同學，建議學校還是持續進行輔導，讓這些同學可以將計畫提交給其他指導老師進行指導，或乾脆靠自己來進行自主學習。